présentation de WWBKB

Le projet Worlwide Botanical Knowledge Base

Pour résumer, le but du projet est de rendre accessibles les données botaniques via Internet:

description des espèces, y compris images
répartition géographique

Les finalités sont de contribuer à:

la protection de la biodiversité et de l'environment
la diffusion de l'information scientifique
l'éducation d'un large public au sujet de la nature.

Motivation

Actuellement ces données scientifiques de base, qui en outre se rapportent à un patrimoine menacé de l'humanité sont dans:

des publications sur papier, peu diffusées
des bases de données non interconnectées, en général sans informations biologiques, sans images
des flores régionales, sur papier, soumises à copyright

A l'heure où des milliers d'espèces disparaissent, sans espoir de retour, parfois avant même d'être décrites, il serait irresponsable (et absurde) de ne pas faire l'inventaire du patrimoine biologique de notre terre. Comment conserver ce qu'on ne connaît pas? Or une connaissance d'accès trop difficile est inutilisable. A l'heure actuelle un botaniste doit voyager pour étudier des herbiers, des bibliothèques; par manque d'accès à l'information il est conduit à retarder des publications d'espèces nouvelles, ou à publier des synonymes.

Il est évident que seule l'informatique peut réaliser et rendre accessible cet inventaire. Il n'y a pas actuellement d'autre projet botanique ayant une envergure suffisante, sauf peut-être le projet "Species Plantarum" de l'IOPI ( International Organization for Plant Information ), qui semble être en attente.

Finalités

Rendre accessible, cela veut dire en particulier offrir une assistance en ligne sur le Web à l'identification d'un spécimen de plante, utilisant conjointement des questions-réponses et la reconnaissance informatique d'une image du specimen. On vise à inclure toutes les 250 000 et quelques espèces de plantes; les mêmes techniques peuvent bien sûr s'appliquer en zoologie et microbiologie.

L'autre volet est de promouvoir un standard (un vrai) de représentation des descriptions biologiques et de lafaçon dont elles sont publiées sur le Web. La solution passe par une utilisation judicieuse des standards duWorld Wide Web Consortium (en essayant aussi d'influer sur leur évolution), en particulier XML. Ces standardsdu Web permettront non seulement de publier une information de base (tirée des Flores classiques), mais aussi de publier de l'information (par ex. étude de terrain) qui fasse explicitement référence à l'information de base. Ainsi l'ensemble des informations biologiques publiées formera un réseau sémantique, qui sera exploitable pour toute sortes de requêtes: corrélations, recoupements, synthèses.

Comment agir?

Il s'agit de créer une communauté analogue au mouvement de développeurs informaticiens qui s'est créé autour de Linux, et qui soit capable de fédérer les nombreuses institutions et individus travaillant dans ce domaine, et de les persuader de créer un protocole de communication flexible, basé sur XML et le Web. Il faut noter qu'un tel projet cooperatif peut acomplir beaucoup avec un investissement réduit, car nous allons définir des standards d'échange, de sorte que les efforts existants deviendront compatibles et en synergie.

Nous avons déjà attiré une vingtaine de contributeurs. Je parlerai du projet à la 9ième Conference du World Wide Web le 19 Mai 2000 à Amsterdam.

Collaborations

Bien entendu, il ne s'agit pas de réinventer la roue en matières de logiciels, mais de réutiliser les logiciels libres et les projets de recherche existants, de motiver et maintenir des collaborations dans les domaines informatiques suivants :

serveurs Web: Apache
navigateurs Web: Mozilla
moteurs de recherche reconnaissant XML: projet Xyleme , etc
techniques d'intelligence artificielle
techniques de reconnaissance de forme et vision par ordinateur
formats de représentation des géométries 3D: là il y a des besoins communs avec:

la Conception Assistée par Ordinateur,
la réalité virtuelle,
les jeux video, les dessins animés;
le besoin d'une représentation mathématique et compacte, non propriétaire, des géométries 3D
n'est pas satisfait par les standards actuels: IGES, STEP, VRML/X3D

Avec les botanistes il y a une collaboration avec le projet Flora of China ( http://flora.harvard.edu/china/ ), avec le "Taxonomic Databases Working Group", et avec Don Kirkup des Kew Botanical Gardens .

Encore une chose importante est qu'il ne s'agit pas essentiellement d'un projet de recherche, même s'il y a beaucoup de recherche autour. C'est un projet de système d'information qui, dans le cadre d'un cycle de développement itératif, veut produire rapidement un système utile et reconnu. Les informations et logiciels seront "free software" et "free content".

Annexe: réponse à des thèmes proposés par le Ministère del'Environnement

Tout ceci étant dit, voyons comment ceci peut s'inscrire dans le cadre des thèmes proposés par le Ministère de l'Environnement .

-" Invasions Biologiques "
3/ le contrôle et la gestion des phénomènes de type invasifs.

Il faut pouvoir identifier les plantes et les animaux au stade préliminaire de l'invasion, quand il est encore temps de faire quelque chose. Et là, il faut pouvoir s'appuyer sur un outil informatique qui connaisse et reconnaisse toutes les espèces connues, car on ne connait pas a priori la liste des espèces susceptibles d'être envahissantes. De plus il est bon que les observations et identifications sur le terrain puissent être faites par des non-spécialistes. Enfin les techniques Web précitées permettront de publier, rassembler, valider et cartographier les observations de terrain.

-" Actions Publiques, Agricultures et Biodiversités "
1/ caractérisation, représentations et justifications de la biodiversité en lien avec l'agriculture,

Les techniques Web précitées permettront de faire une base de connaissance des variétés anciennes; on peut avoir une description aussi fine que nécessaire, et réutiliser des anciens documents imprimés, surtout s'ils sont bien structurés.